آفلاتوکسین یکی از خطرناکترین سموم جهان است، به راحتی در بافت تجزیه نمی‌شود و ممکن است منجر به مرگ مصرف کننده شود. یکی از گونه های قارچ آسپرژیلوس، تولید کننده آفلاتوکسین در پسته است. برای کاهش سطح آفلاتوکسین در پسته باید کنترل بیماری از زمان تولید مدیریت شود. در صورتی که میوه پسته آلوده به این قارچ شود یا فرآیند فرآوری دیرتر (پوست گیری و خشک شدن) انجام شود با شوک دمایی که برای این قارچ ایجاد می‌شود، مقدار آفلاتوکسین در پسته به شدت افزایش می‌یابد.
از تیرماه به بعد با استفاده از محلول پاشی سیلیکون و استفاده از قارچ کش‌ها، می‌توان جمعیت قارچ‌هایی که می‌توانند در زمان برداشت غلظت آفلاتوکسین را افزایش دهند را کاهش داد (کاهش اسپور قارچ). یک یا دو مرحله محلول پاشی کودهای دارای عنصر سیلیسیم در مرداد و شهریور یکی از بهترین گزینه‌ها است زیرا علاوه بر کنترل بیماری‌های قارچی مثل آسپرژیلوس، به پرکردن مغز پسته نیز کمک می‌کند. همچنین بهتر است در فرآیند فرآوری نیز سرعت شست و شو، پاکسازی و خشک کردن را افزایش داد تا از افزایش مقدار آفلاتوکسین جلوگیری شود.