قارچ‌های فوزاریوم، پیتیوم و قارچ‌های آرمیلاریایی در خاک به وفور یافت می‌شوند و در مزرعه حضور دارند. درصورتی که شرایط برای فعالیت آنها فراهم شود عاملی برای پوسیدگی طوقه و ریشه خواهند بود و درخت خشک خواهد شد. نمی‌توان قارچ‌ها را از بین برد بلکه می توان شرایطی فراهم کرد تا قارچ‌ها غیرفعال شوند و یا فعالیت کمتری داشته و آسیب کمتر باشد. مدیریت تلفیقی می‌تواند تاثیر زیادی در کنترل و عدم فعالیت این قارچ‌ها داشته باشد:
1. مصرف ریشه‌ای کودهای دارای سیلیکون در چند مرحله ضمن تاثیر بسزا در کنترل بسیاری از بیماری‌های قارچی، سیستم ایمنی گیاه را نیز تقویت می‌کند.
2. همچنین استفاده از کودهای میکروبی که برخی از آنها ترکیبات ضد قارچ تولید می‌کنند، موثر است.
3. در مراحل اولیه قارچ کش‌ها میتوانند تاثیرگذار باشند اما زمانی که قارچ‌ها توسعه زیادی پیدا کرده‌اند، قارچ کش‌ها تاثیر چندانی ندارند و بیشتر تغذیه در کنتر ل بیماری‌های قارچی تاثیرگذار خواهد بود.
4. خارج کردن طوقه درخت و خاک را کنار زدن از اطراف آن و ایجاد تهویه نیز مفید است.
5. استفاده از گوگردهای پودری و باکتری‌های اکسید کننده آن در مدیریت این موضوع موثر است.
آبیاری‌های سنگین سبب تشدید این بیماری‌ها خواهد شد. همچنین، مصرف فضولات دامی که بقایای سلولزی تجزیه نشده اند منجر به تشدید پوسیدگی می‌شود. از آنجایی که در فضولات دامی عوامل این بیماری‌ها وجود دارند، زمانی که وارد خاک می‌شوند ضمن حضور غذا در خاک و وجود این ساختار قارچ‌ها به شدت توسعه می‌یابند.
درصورت نیاز برای بهبود شرایط خاک استفاده کم و مدیریت شده از کود دامی شرایط خوبی برای کنترل بیماری‌ها و پوسیدگی‌های طوقه و ریشه ایجاد می‌شود.