پوچ شدن پسته دلایل مختلفی دارد؛
1. دو پایه بودن درخت پسته و شرایط نامناسب تلقیح
2. تنش دمایی (دماهای بسیار بالا) در زمان تلقیح سبب ممانعت از تلقیح و یا تلقیح نامناسب می‌شود که پسته ناقص است و مغز پر نمی‌کند، اصطلاحا مغز پوچ خواهد شد.
3. تنش‌های آبی و یا رطوبت زیاد.
4. کمبود کلسیم سبب از بین رفتن جنین و عدم رشد آن و در نهایت پوچی مغز پسته می‌شود.
5. بیماری‌ها
6. عدم تعادل غذایی مناسب و تغذیه نامناسب.
شایع ترین دلیل پوچی پسته تلقیح نامناسب (به ویژه در سال‌هایی که بارندگی زیاد است یا کشاورز آبیاری سنگینی در زمان گل انجام داده است) می‌باشد. رطوبت زیاد روی گرده نر تاثیر منفی می‌گذارد.